Voor het vaststellen van beschermde muissoorten, zoals noordse woelmuis, waterspitsmuis of veldspitsmuis, wordt gewerkt conform de IBN-methode. Bij een muizenonderzoek wordt gebruik gemaakt van zogenaamde inloopvallen (longworth life-traps). De inloopvallen worden binnen de onderzoekslocatie op de meest potentieel geschikte locaties om genoemde soorten aan te treffen, geplaatst.

Afhankelijk van de grootte van een gebied zal worden bepaald hoeveel inloopvallen worden gebruikt. De inloopvallen worden hierbij in raaien in het veld uitgezet. Elke raai bestaat uit 20 inloop vallen, die per twee in één rij worden geplaatst op een minimale afstand van tien meter van elkaar. Afhankelijk van de weersomstandigheden worden de inloop vallen minimaal 2 maal per etmaal gecontroleerd.  Een muizenonderzoek bestaat uit een prebait periode van 2 etmalen en een onderzoeksintensiteit van 3 vangnachten, met tenminste 5 controlerondes.

Voor een muizenonderzoek wordt gebruik gemaakt van het gebruikelijk lokaas, bestaande uit een mengsel van granen/zaden, wortel, pindakaas en meelwormen.